退休后的李瑞芳仍继续从事研究。

　　1994年，她从国家档案馆(National Achieve)发现了大量有关“假纸仔”的历史文献，为研究华人历史提供了宝贵的资料。

　　李瑞芳退休后，市立大学原来的亚裔研究系被撤除，她花了一辈子心血奠定起来的华人研究眼看后继无人，因为很多教授对华人研究兴趣不大，转向热门研究课题，如中美关系。

　　为了挽救日渐式微的亚裔研究，2001年，李瑞芳与人共同创办了纽约市立大学的亚裔研究所(Asian American/Asian Research Institute)，并担任该所的董事会主席。

　　她还把自己积累的大量华人历史资料和书籍捐给美国国会图书馆，并鼓励华人把有价值的资料拿出来捐献，例如，20世纪70年代以前的档案、照片、机构年报等等。