2006年中国科技研发投入达到历史最高的2943亿元人民币，占国内生产总值的1.41%。

　　尽管这一数字显示出中国政府和企业在推动自主创新方面的努力，但迅速攀升的投入难以掩盖中国科技自主创新能力仍然不足的现实。“中国的科技研发能力仍然较弱。”中国科技部前任部长徐冠华曾这样指出。 

　　一些专家认为，自主创新能力仍是中国科技发展乃至经济发展的“软肋”。及早解决自主创新能力不强问题，尽快建立完善鼓励自主创新的机制，已成为中国科技乃至整个国民经济可持续发展的重要环节。

　　从2004年的1.23%，到2005年的1.34%，再到2006年的1.41%，中国科技研发经费保持了一定增长速度，但因基数过低，研发投入占GDP的比重仍然偏低，与发达国家2%以上、世界500强企业5%到10%的水平相比，还有较大差距。