國民黨刪除“九二共識”事件雖是無心操作，卻也意外引爆榮譽黨主席連戰與2008年“大選”參選人馬英九之間長期隱而未發的心結。事實上，連馬除了對黨選戰路線有明顯分歧外，最重要的衝突還在於彼此互爭藍營正統，所衍生的矛盾心結使然。  

　　台北《中國時報》發表特稿説，從連戰下台後，連馬在黨內始終是“相敬如賓”，實際關係也眞僅止於此，因爲從黨主席選舉、“總統”副手搭檔的選擇，一直到“大選”主軸與本土路線調整，馬英九表面看似對連戰恭恭敬敬，其實連馬骨子心知肚明，彼此各走各的路，關鍵時刻的抉擇也大相逕庭。

　　文章稱，國民黨刪除“九二共識”的風暴，只是意外將兩人長期薄如紙片般的互信戳破而已。

　　馬營不滿連戰明知國民黨已嚴正澄清沒有要刪“九二共識”，卻硬要發聲明讓馬難堪；而連戰方面，其實對馬往本土路線靠攏、操作“返聯公投”等議題的作法也已忍耐到了臨界點，累積的怨氣絶對不止是針對刪除“九二共識”一樁。

　　連戰通過聲明企圖向泛藍民衆揭示，“我才是藍營正統、我是正藍代言人！”相對凸顯的就是，馬已經走偏了。