刪除“九二共識”引發軒然大波，2008年“大選”參選人馬英九、國民黨主席吳伯雄等卻表示對此毫不知情。

　　台灣媒體報道，馬英九在結束借宿民宅行程後，才看到幕僚遞交的相關新聞報道，感到一頭霧水，隨即猛打電話瞭解狀况。吳伯雄辦公室亦一片混亂，查詢電話不斷，吳伯雄相當不滿。

　　面對島內如此強烈的反應，國民黨高層隨即展開“救火”。吳伯雄召開記者會強調，國民黨黨章黨綱是上千字的文件，可以做詳細叙述，年度“中心任務”只是幾百字的文字，較爲簡單，“沒寫不等於去掉”。而且“中心任務”尙未定案，將綜合大家意見，在近日的中常會決定。

　　國民黨大陸事務部主任張榮恭、馬英九的副手蕭萬長等也紛紛表態，國民黨的政策立場沒有任何變化。國民黨秘書長吳敦義則出面“澄清事件眞相”。

　　台北《中國時報》報道，10月29日國民黨考紀會提出的年度中心任務內容中，並未刪掉“國統綱領”、“九二共識”等字樣。後來，某媒體記者獲悉文件內容依舊，向黨內某高層質疑：“你們國民黨不是要走本土保台路線嗎？怎麼年度工作會報中，關於兩岸議題還出現‘國統綱領’與‘九二共識’的內容？” 

　　消息立即傳到馬陣營發言人蘇俊賓的耳中，蘇擔心若外界借這一份在黨內無關緊要的文件，大肆炒作國民黨因擔心深藍基本盤鬆動，而決定調整本土路線，反而讓馬英九陷入進退失據的窘境，非常不利。

　　於是，蘇俊賓當下作出決定，必須快刀斬亂蔴，不要讓外界有所誤解，經過向馬英九身旁某位“極核心”幕僚請示後，轉而向黨秘書長吳敦義報吿此事。

　　由於這只是一份位階很低的工作報吿，吳敦義判斷無須知會黨主席吳伯雄，便通知考紀會，統統刪除這些字眼。

　　黨務高層透露，吳敦義根本沒將此事放在心上，在10月31日中常會報上，一個字都沒提考紀會報吿內容。所以包括國民黨主席吳伯雄在內，沒人知道這份年度例行文件與過去有什麼不同。

　　黨務高層卻萬萬沒想到，隔天媒體竟然大篇幅報道國民黨“去統、刪除九二共識”，引發黨內罕見的內訌，讓黨務高層對此懊惱不已，直呼“根本是被當魚釣”！

　　在連戰發出措辭空前強硬的聲明後，吳伯雄在連系人馬出身的新任辦公室主任李建榮強烈建議下，親自進行危機處理，馬英九亦打電話向連戰解釋。