9月16日，北京對台灣“入聯”公投遊行作出強硬反應，國務院台灣事務辦公室發出警吿：大陸已“做好了應對嚴重狀况的必要準備”。

　　■國台辦：北京做好準備

　　新加坡《聯合早報》報道，針對陳水扁在民進黨集會上宣稱“台灣是主權獨立國家”，國台辦指出，遊行集會的情况表明，陳水扁鼓吹的“入聯公投”、“申請入聯”沒有得到廣大台灣同胞的普遍響應，“入聯公投”的事態仍在發展，大陸將繼續密切關注，並做好了應對嚴重狀况的必要準備。

　　國台辦語氣強硬地説：“在維護國家主權和領土完整、制止分裂活動的重大原則問題上，我們絶不動搖、絶不妥協、絶不含糊，絶不允許任何人以任何方式把台灣從祖國分割出去。”

　　■學者：陳水扁危害台海和平

　　大陸官方的新華網也在集會遊行當晩發表《“入聯公投”挑動民粹危害台海和平》的署名文章，抨擊陳水扁危害台海和平。

　　該文作者吳宜來自官方智庫中國社會科學院台灣硏究所。文章抨擊陳水扁推動“入聯”公投，是“玩弄民粹的選舉伎倆，將嚴重地危害台海地區的和平穩定，嚴重損害兩岸同胞的根本利益”。

　　作者認爲陳水扁主導“入聯公投”是爲了保性命和抓權力，企圖以“台獨的陳水扁”來挽救“貪污的陳水扁”。文章注意到美國直接點明陳水扁推動“入聯公投”是個“錯誤”，是“朝向宣佈台灣獨立，和改變（台海）現狀的一步”。

　　■唐樹備：入聯公投是非法分裂

　　北京聯合大學台灣硏究院名譽院長唐樹備指出，台灣當局操縱“入聯公投”、“申請加入聯合國”等分裂中國的行徑都是非法的，不可能得到聯合國廣大會員國的支持，包括美國在內的世界許多國家已經對台灣當局推動“入聯公投”予以批評，明確表示反對。

　　唐樹備曾任國務院台辦副主任、海峽兩岸關係協會常務副會長。他16日在第二屆“北京台硏論壇”開幕式上致辭時作上述表示。

　　他指出，近來，陳水扁出於一己之私，正在變本加厲地製造“台獨”議題。“入聯公投”旣是民進黨當局的選戰議題和政治操弄，同時也是走向“法理台獨”的重要步驟。