针对马英九特别费案，台湾高等法院判决出炉驳回检察官的上诉，马英九无罪全身而退，王金平获知之后，在第一时间表示祝贺。王金平说，首先要对马前主席表示恭喜。 

　　中时电子报报道，王金平强调，“第一、这个案子再次获得清白的证明，第二，大家都知道，这个案子是这个判决证明这的确是历史的共业。第三、这个案的判决对于侦办中的、或是被起诉的特别费的案子，希望检调司法方面重新加以检讨，看是否暂时停办、或是停止审判都可以，等候适当时机，朝野坐下来好好的商谈讨论修法的工作，彻底来解决这个历史的共业。”